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基于叶绿体基因片段的井冈寒竹属系统发育关系研究: 2024年; 【目的】井冈寒竹属(Gelidocalamus Wen)属于禾本科(Poaceae)竹亚科(Bambusoideae)青篱竹族(Trib.Arundinarieae),是中国亚热带地区的特产散生竹属。该属植物为灌木状木本竹,地下茎呈复轴型,秆细长,每节多分枝,当年不再产生次级分枝,小枝末端通常仅有1片叶子,花序为圆锥型,雄蕊为3枚,秋冬季节发笋。井冈寒竹属植物主要产自中国长江以南的低海拔地区,其中南岭地区是该属植物物种多样性的分布中心,其栖息在林下、沟涧的阴凉潮湿处,呈现片状分布,具有观赏价值、食用价值和生态平衡效应。目前,该属植物的系统发育关系仍存在较大争议。本研究旨在对叶绿体基因片段的系统发育重建,初步探讨该属植物种间的亲缘关系,为深入理解竹类植物的演化历史提供一定的参考资料。【方法】试验广泛采用青篱竹族11个支系26属82种以及簕竹属(Bambusa)和牡竹属(Dendrocalamus)外类群6种作为样品。利用7个叶绿体基因片段,即rpl32-trnL、rps16-trnQ、trnC-rpoB、trnD-trnT、trnT-trnL、trnG-trnT(t)和matK,对井冈寒竹属及其近缘类群的系统发育关系进行重建。结合通过分子钟估算,探究其起源和类群间的分化时间。【结果】(1)系统发育分析结果表明,井冈寒竹属(Gelidocalamus)为复系类群,成员分别聚在青篱竹族的Shibataea clade(IV)和Phyllostachys clade(V)两个分支中;(2)分化时间估算结果表明,IV、V分支分别在5.44 Mya和3.41 Mya分化出来,除小蒙竹(G.monophyllus)外,井冈寒竹属其余种在约3 Mya间陆续分化出来。【结论】井冈寒竹属不是一个自然的单系类群;红壳寒竹(G.rutilans)应归于箬竹属下;亮竿竹(G.annulatus)可能为井冈寒竹属和箬竹属的杂交起源;冬顶寒竹(G.dongdingensis)与同春箬竹(I.tongchunensis)近缘,或为箬竹属成员,或为一独立分支。本研究通过重建井冈寒竹属的系统发育关系,对该属内成员的系统位置进行了初步阐述; 刘恒汪城坤冀雪楠杨光耀国春策张文根; 关键词：系统发育关系

红盲高原鳅线粒体基因组测定及其系统发育关系分析: 2024年; 红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值。2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本。通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为A(31.2%)、G(15.8%)、C(26.0%)、T(27.0%),A+T的含量为58.2%。基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置。本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据。; 宋金津宋爽黄太福刘航宇刘志霄; 关键词：高通量测序系统发育关系

基于核基因组的樟科檬果樟属亚洲类群系统发育关系的重建: 2024年; 【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富,果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少,人们对该属植物了解甚少,极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用,因此,构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群,采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组(nrG)序列构建高支持的系统发育关系,并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树,ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致,老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下,且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明:宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近;老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近,推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证,将44个檬果樟属样本分为9组,依次为小花檬果樟C.henryi、赤毛檬果樟C.poilanei、二药室檬果樟C.bilocellata、麻栗坡檬果樟C.malipoensis、宽叶檬果樟C.latifolia、檬果樟C.tonkinensis、河口檬果樟C.hekouensis、缘毛檬果樟C.metallica和老挝檬果樟C.laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系,还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。; 李启少屈亚亚辛雅萱唐军荣曹正英余青富辛培尧; 关键词：系统发育关系形态学性状

利用mtDNA COI、Cytb和D-loop条形码探讨地方牛的遗传多样性和系统发育关系: 2024年; 试验在不同地区采集皖南牛、雷琼牛、那曲牦牛和海子水牛血液和毛发样本,获得基因组DNA后,通过常规PCR技术扩增mtDNA COI、Cytb和D-loop基因,借助Sanger测序获得条形码序列,对地方牛品种的遗传多样性进行探究。结果表明:4种牛的线粒体基因中,A/T含量均显著高于G/C含量,具有明显的反G偏倚,且都表现出较高的遗传多样性,其中那曲牦牛表现尤为突出。COI和Cytb蛋白密码子的使用也表现出了一定的偏好性。基于Cytb基因构建的NJ系统发育树表现最优,能够将4种牛更好的聚类,更适合本文系统发育关系的探究。; 张晓婷彭珍珍郭玛丽袁朝海蔡亚非张威; 关键词：DNA条形码系统发育

草珊瑚与海南草珊瑚叶绿体基因组结构及系统发育关系分析: 2024年; 利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IRs);海南草珊瑚叶绿体基因组总大小为158826 bp,包含一个88104 bp的LSC、一个18440 bp的SSC和一对26141 bp的IRs;二者均注释得到128个基因,包括84个蛋白编码基因(CDS)、8个rRNA基因和36个tRNA基因;系统发育树表明,草珊瑚叶绿体基因组与NCBI下载的两个草珊瑚基因组序列聚为一支,再与海南草珊瑚聚为一支,草珊瑚属与金粟兰属互为姐妹群。; 何艳妮黎前利杨武海吴之坤; 关键词：叶绿体基因组系统发育分析

邻体间系统发育关系对邻体效应的影响: 王丽萍

我国常见白蛉系统发育关系及中华白蛉基因组测序研究（双翅目：毛蠓科）: 白蛉隶属于双翅目(Diptera)、毛蠓科(Psychodidae)、白蛉亚科(Phlebotominae),是一种小型吸血昆虫。部分种类可传播利什曼病、白蛉热、巴尔通体病等疾病,具有重要的医学意义。近年来,我国内脏利什...; 董昊炜; 关键词：白蛉线粒体基因组基因组

赤琥珀螺线粒体全基因组测定与系统发育关系的研究: 2024年; 旨在通过高通量测序技术获得赤琥珀螺(Succinea erythrophana)线粒体基因组全序列,对其结构及组成特征进行分析,并结合NCBI数据库已公布的琥珀螺科及柄眼目物种序列,以最大似然法和贝叶斯法分别进行系统发育分析。结果显示:①赤琥珀螺线粒体基因组全长14023 bp(GenBank No.ON533899),由37个基因和一段富含AT的非编码控制区组成,有20处基因间隔,13处基因重叠。A+T平均含量为77.3%,表现出明显的AT偏向性。基因的排列顺序、结构与组成、密码子使用情况与琥珀螺科已报道种类相似。②除tRNA-Phe、tRNA-His、tRNA-Ser1、tRNA-Ser2外,其余tRNAs呈典型三叶草结构。③Ka/Ks选择压力分析显示其受到纯化选择作用。④系统发育研究揭示赤琥珀螺与同属的腐败琥珀螺(Succinea putris)亲缘关系最近,然后与同科其他物种形成姐妹群关系。; 马蕊张卫红郭阳阳; 关键词：线粒体基因组系统发育

广西新记录种井冈两头蛇的鉴定及其系统发育关系分析: 2024年; 井冈两头蛇Calamaria jinggangensis Cai,2023隶属游蛇科Colubridae,目前仅记录分布在江西井冈山。2021年9月至2022年6月,在广西桂林全州县才湾镇、龙胜县黄沙镇采集到2号疑似井冈两头蛇的样本(标本号GXNU20210909007和GXNU20220613012)。基于线粒体细胞色素b(cyt b)基因的系统发育分析表明,桂林采集的两头蛇样本与井冈两头蛇地模标本聚为一支,并且2号标本与井冈两头蛇的遗传距离为0.005~0.030,小于同属内其他物种之间的遗传距离(0.052~0.237)。经过形态学比较和系统发育分析,确认该2号标本为两头蛇属Calamaria的井冈两头蛇C.jinggangensis。此发现为该物种在广西的新记录,为井冈两头蛇的地理分布和系统发育提供更多的信息。; 梁雅婷黄紫丹杨瑞刚武正军陈泽柠; 关键词：系统发育

花胸姬蜂线粒体全基因组测序及姬蜂总科系统发育关系分析: 2024年; 【目的】测定花胸姬蜂Gotra octocinctus线粒体全基因组序列,分析并探讨其基因组结构及姬蜂总科(Ichneumonoidea)的系统发育关系。【方法】采用Illumina NovaSeq测序平台,首次对花胸姬蜂线粒体全基因组进行测序,分析其基因组结构特点和碱基组成。基于13个蛋白编码基因序列,结合GenBank已有的姬蜂总科47个种的完整线粒体基因组序列,选取小蜂总科(Chalcidoidea)2个物种线粒体基因组序列作为外群,分别使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood method,ML)构建姬蜂总科系统发育树。【结果】花胸姬蜂线粒体基因组全长16003 bp(GenBank登录号:OP850580.1),由22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和1个控制区(control region,CR)组成。线粒体基因组碱基组成呈现明显的AT偏向性,AT偏斜和GC偏斜均小于0。花胸姬蜂线粒体基因组存在4处基因重排,基因组中有13处基因重叠区,共85 bp,以及17处基因间隔区,共1072 bp。基于13个PCG序列构建的系统发育树显示,优姬蜂亚科(Eucerotinae)为自然单系群,蚜茧蜂亚科(Aphidiinae)与茧蜂科(Braconidae)的“圆口类”构成姐妹群。【结论】本研究测定并分析了花胸姬蜂线粒体全基因组序列,发现姬蜂科(Ichneumonidae)昆虫线粒体基因组普遍存在trnI-trnQ-trnM区域的基因重排现象,为进一步系统的研究姬蜂总科线粒体基因组提供数据支持。; 高成龙扈丽丽黄华毅陈刘生黄咏槐崔高峰赵丹阳; 关键词：姬蜂总科线粒体基因组基因重排系统发育

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