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灵芝LaeA基因的电子克隆、表达及生物信息学分析: 2024年; 为通过电子克隆得到灵芝LaeA基因序列,分析其基因序列信息,并初步探究其调控功能。采用电子克隆的方法,以已知桔青霉的LaeA蛋白序列为模板,在灵芝的EST数据库中进行序列相似性搜索比对(Blast),经序列拼接、序列验证和序列延伸等电子克隆方法获得灵芝LaeA基因的cDNA序列;采用生物信息学软件对LaeA基因编码蛋白质的基本理化性质、疏水性/亲水性、亚细胞定位、信号肽、二级结构、三级结构及进化关系等方面进行了预测和分析。结果表明,LaeA基因全长1 134 bp,编码378个氨基酸,蛋白分子质量为42.895 3 ku,存在于细胞质中,是亲水性蛋白;LaeA蛋白结构主要由47.88%无规则卷曲、33.33%α-螺旋和18.78%延伸链组成,有S-腺苷甲硫氨酸结合位点,属于AdoMet_MTases超家族蛋白;系统进化分析结果显示,LaeA蛋白与云芝、污叉丝孔菌等白腐担子菌类的亲缘关系较为亲近;qRT-PCR结果表明,LaeA基因在灵芝细胞液体静置培养过程中的表达量显著高于振荡培养方式。推测LaeA蛋白作为1种甲基转移酶蛋白,通过参与组蛋白的甲基化修饰,进而影响基因簇的表达水平。; 贺望兴李文金蒋咏梅童忠飞陈华玲李延升谢小群李琛; 关键词：灵芝 LAEA 电子克隆生物信息学

人参UDP-阿拉伯糖变位酶基因电子克隆及分析: 2024年; UDP-阿拉伯糖变位酶是阿拉伯糖合成过程的关键酶,在植物形态建成和逆境胁迫响应过程中起着重要的作用.UDP-阿拉伯糖变位酶可使UDP-Araf和UDP-Arap相互转换,参与包括阿拉伯糖在内的多糖合成.以玉米UDP-阿拉伯糖变位酶氨基酸序列作为探针,通过电子克隆的方式,对人参EST数据库进行检索,获得具有高度同源性的cDNA序列,采用DNAMAN软件对其进行拼接和组装,最终获得一条长为1445 bp的cDNA序列.利用相关软件对人参UDP-阿拉伯糖变位酶基因进行生物信息学分析.结果表明:人参UDP-阿拉伯糖变位酶蛋白为稳定的亲水性蛋白,该蛋白上的磷酸化修饰有33处,无跨膜螺旋区,不存在信号肽,为非分泌蛋白.该蛋白含有无规则卷曲、α螺旋、延伸链、β折叠二级结构,其中无规则卷曲结构最多.人参UDP-阿拉伯糖变位酶的氨基酸序列与凤仙花同源性较高,与石榴花同源性较低.分析结果能为人参后续相关研究提供一定的参考依据.; 田鹏宇宋敏丽张义茹; 关键词：人参电子克隆

辣椒果实发育相关基因的电子克隆及生物信息学分析: 2024年; 以cDNA-AFLP分析辣椒果实发育获得的长度为193 bp的TDF_(9-68-11)为研究对象,采用电子克隆、PCR验证和生物信息学分析等方法,研究了辣椒果实发育相关基因的电子克隆及生物信息学功能分析,以期为辣椒果实发育相关基因的研究提供参考依据。结果表明:经过电子克隆最终获得长为1 167 bp的拼接序列,设计引物PCR扩增和测序获得全长714 bp的序列,与拼接序列高度一致;该序列编码分子量为17.96 kD氨基酸链,其等电点为7.76偏中性;氨基酸链具有跨膜特性,可能存在5个磷酸化位点,该氨基酸链二级结构含有的α螺旋占42.3%、延伸链占19.6%、β转角占12.2%,以及26.4%的随机卷曲结构。氨基酸序列比对可以初步推断该氨基酸序列的功能与果实发育中醇脱氢相关生化反应有关。; 徐明磊田辉陈双臣; 关键词：辣椒果实发育电子克隆

长穗偃麦草 ThPLA 基因的电子克隆和生物信息学分析: 2024年; 本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息,利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法,从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编码蛋白进行了预测和分析。结果表明,ThPLA基因全长1620 bp,编码539个氨基酸;与粗山羊草、野生二粒小麦、水稻和玉米的PLA蛋白亲缘关系最近;亚细胞定位和GO term预测ThPLA蛋白质位于叶绿体;综合基因表达预测和转录组数据结果,该基因可能在植物根部对盐胁迫做出响应。; 张宴萍黄德华李鹏崔正勇何方闫百蔷; 关键词：长穗偃麦草电子克隆生物信息学

地黄己糖激酶RgHXK2基因的电子克隆及生物信息学分析被引量：2: 2023年; 己糖激酶(HXK)的主要功能是在糖酵解途径中催化己糖磷酸化,是植物体内调控呼吸代谢的关键酶之一。主要催化己糖磷酸化进入糖酵解途径,可在植物体的生长发育过程中为其提供大量的能量。己糖激酶属于hexokinase-2超家族,在植物生命活动中发挥着重要的作用。为了解地黄(Rehmannia glutinosa)己糖激酶基因RgHXK2在磷酸化过程中起到的作用,该研究基于转录组测序获得的地黄己糖激酶基因ORF的部分保守序列和地黄的SRA数据库,在NCBI中进行电子克隆获得地黄RgHXK2全长cDNA序列;采用在线网上工具ProtParam、TMHMM、SOPMA、SMART、MEME、Clustal Omega以及Jalview、MegaX等软件对其进行生物信息学分析,结果显示,地黄RgHXK2基因全长1 462 bp,包含1 194 bp的开放阅读框,编码一个含有397个氨基酸、相对分子质量为43.75 kD、等电点为6.34的蛋白质。在线软件预测该蛋白含有Hexokinase-1和Hexokinase-2保守结构域,无信号肽与跨膜结构,为亲水性非分泌蛋白,主要分布于线粒体和叶绿体中,参与碳水化合物代谢、细胞葡萄糖的动态平衡以及糖酵解等三个生物反应过程。系统进化分析表明,地黄与木犀榄(Olea europaea)、一串红(Salvia splendens)、黄色猴面花(Erythranthe guttata)、紫花风铃木(Handroanthus impetiginosus)及松蒿(Phtheirospermum japonicum)、独脚金(Striga asiatica)聚为一支,其中与木犀榄HXK1蛋白的同源性最高,为90.05%。本研究为进一步揭示RgHXK2基因在地黄己糖磷酸化途径中的功能奠定基础。; 王晨璨李瑾聂双喜吕亚奎彭霄鹏; 关键词：电子克隆生物信息学分析

4种薯蓣属植物GBSS基因的电子克隆与生物信息学分析被引量：3: 2022年; 多种薯蓣属植物全基因组测序工作的完成,为利用生物信息学手段对薯蓣属植物的基因进行电子克隆、结构与功能分析以及分子进化分析提供了便利。淀粉是薯蓣属植物地下块茎的重要组成成分,颗粒结合淀粉合成酶(GBSS)是淀粉合成过程中控制直链淀粉合成的关键酶。本研究以文成糯米山药GBSS基因序列为探针,电子克隆方法获得参薯、几内亚白山药、灌丛薯蓣和盾叶薯蓣4种薯蓣属植物的GBSS基因序列。通过生物信息学分析方法,比较分析4种薯蓣属植物GBSS基因结构、蛋白质结构及系统发育特点。结果可为进一步研究薯蓣属植物GBSS基因及其编码蛋白调控淀粉合成的分子机制提供科学依据。; 陈知龙郑佳豪吴坤龙张壹; 关键词：薯蓣属电子克隆

山羊原癌基因c-fos电子克隆与生物信息学分析被引量：2: 2022年; 为探明山羊原癌基因c-fos的结构与功能,以牛c-fos基因编码序列(GenBank登录号为AY322482)作为种子序列电子克隆了山羊c-fos基因cDNA序列,并利用生物信息学方法对其完整编码序列的蛋白理化特征、二级结构、亲/疏水性进行全面解析,进一步预测了该基因在山羊染色体上的定位。结果表明,山羊c-fos基因cDNA全长1 513 bp,开放阅读框为1 143 bp,共编码380个氨基酸,G+C含量高于A+T;山羊c-fos基因编码蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主,其他为α-螺旋,延伸直链较少,属于一种亲水性、酸性不稳定蛋白;山羊与同属反刍动物的绵羊、牛和马鹿c-fos基因核苷酸序列相似性为95.4%~99.5%;c-fos基因可能定位于山羊10号染色体上。山羊c-fos基因电子克隆及序列分析为解析其调控肌肉发育的生理功能提供了详尽的生物学基础信息。; 宋兴超赵园园孟金柱吴震洋安清明; 关键词：原癌基因山羊生物信息学分析肌肉发育

木薯MeSAD基因的电子克隆与生物信息学分析: 2021年; Δ9-硬脂酰-ACP脱氢酶(stearoyl-acyl carrier protein delta 9-desaturase,SAD)是植物响应逆境胁迫的关键酶,在响应低温胁迫中发挥着重要的作用,克隆木薯(Manihot esculenta)SAD基因对抗寒机理及品种改良研究具有很大的理论意义和现实意义。本文以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的SAD同源蛋白为探针,利用电子克隆技术,得到木薯SAD的cDNA,并对表达蛋白的一级至高级结构、结构域、基本理化性质及系统发育等进行生物信息学分析。结果表明,木薯SAD基因cDNA长度为1685 bp,开放阅读框(ORF)为176~1366 bp,编码396个氨基酸,主要包含α螺旋以及无规则卷曲序列。该蛋白主要定位在叶绿体基质内,包含酰基-ACP脱氢酶结构域,具有酸性和亲水性。系统进化分析显示,木薯与蓖麻(Ricinus communis)、巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)和麻疯树(Jatropha curcas)等植物亲缘进化关系非常相近。本研究结果可为MeSAD基因功能解析、木薯抗寒机理及耐低温品种改良等奠定基础。; 杜尚广涂序堂熊敏余波曹文艳徐雅楠罗火林; 关键词：木薯抗寒性电子克隆生物信息学

普通烟草NtODB基因的电子克隆、表达及生物信息学分析被引量：2: 2021年; ODB基因在植物同源重组依赖性的DNA双键断裂修复过程中起重要作用,对植物诱变育种具有潜在的应用价值。克隆烟草NtODB基因并分析其表达特征为丰富ODB基因在同源重组DNA修复过程中的作用提供证据。为得到烟草NtODB基因序列,采用电子克隆技术获得该基因cDNA序列并克隆验证。进一步使用生物信息学方法分析该基因表达特征,对预测蛋白的理化性质、信号肽、高级结构等进行预测。生物信息学分析结果表明,NtODB基因开放阅读框包含579个碱基,蛋白含192个氨基酸残基,NtODB蛋白具有碱性和亲水性,主要定位于细胞质内;实时荧光定量PCR检测结果显示NtODB基因在不同组织中呈现组成型表达特征;亚细胞定位检测提示NtODB主要表达于细胞膜和叶绿体。NtODB基因的克隆与表达分析及其蛋白高级结构和理化性质的预测,可为进一步丰富ODB基因在同源重组依赖的DNA修复系统中的作用机制提供证据。; 陈涛彭欣怡覃剑峰覃旭吴密黄锦媛黄显雅危丹妮王丽萍金刚; 关键词：普通烟草 DNA修复电子克隆

甜菜标记位点BvRE049相关基因的电子克隆与编码区结构分析: 甜菜(Beta vulgaris L.)是我国重要的糖料作物，甜菜基因资源是开展一切分子机制研究活动的基础，也是借助生物技术改良甜菜性状等各种应用研究的前提条件。我国甜菜基因资源目前还相当缺乏，基因克隆工作处于起步阶段。...; 申子萌; 关键词：甜菜电子克隆调控元件; 文献传递

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