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一种焦磷酸测序平台仪器: 本实用新型公开了一种焦磷酸测序平台仪器，包括测序仪本体与底座，所述底座底壁安装有防滑垫，所述底座底壁开设有升降槽，所述升降槽内部通过升降机构连接有升降板，所述升降板底壁固定安装有多个滑轮，所述底座内部通过转动腔转动安装有...; 李作雄王晓东宋术峰

一种焦磷酸测序仪的加热装置: 本实用新型属于医疗设备领域，尤其是一种焦磷酸测序仪的加热装置，针对现有加热装置在进行加热时，加热区域固定，仅通过吹风难以对腔室内进行均匀加热，加热效率较低的问题，现提出如下方案，其包括测序仪本体、旋转底盘、加热组件、放置...; 陈晨

基于焦磷酸测序技术的不同淫羊藿基原混合药材粉末鉴定: 2023年; 《中华人民共和国药典》中收载多基原药材较多,其不同来源的药材混合使用现象较为普遍,对临床用药的稳定性具有一定影响。本研究采用焦磷酸测序技术,从常用DNA条形码序列中筛选物种特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立一种快速准确的辨别淫羊藿混合药材粉末中基原种的分子鉴定方法。通过多序列比对分析发现ITS序列第176位(C/T)和196位处(A/G)变异、matK序列第123位处(C/G)变异以及rbcL序列第892位处(A/C)变异可分别作为鉴别箭叶淫羊藿、朝鲜淫羊藿、淫羊藿及柔毛淫羊藿的特有SNP位点。本研究从灵敏性和稳定性两个方面考察了焦磷酸测序和Sanger测序方法在混合样品测序中的适用性。焦磷酸测序方法对混合样品中低含量样品的检测灵敏度高于Sanger测序方法。稳定性考察发现,焦磷酸测序技术对高温95℃水浴45 min后的模板DNA扩增产物仍可获得有效测序结果,而Sanger测序方法的临界点为30 min。本研究开发了一种新的基于焦磷酸测序和特异性SNP位点的淫羊藿混合粉末基原物种鉴定技术,可对淫羊藿药材的混合使用进行快速准确鉴定,灵敏性和稳定性高,也可为药材不同基原物种鉴定及混合药材粉末基原鉴定提供技术支撑,有利于保障临床用药的一致性和稳定性。; 刘姿怡裴艺菲冯雪赵贵萍陈铁柱陈铁柱; 关键词：淫羊藿单核苷酸多态性混合粉末焦磷酸测序

焦磷酸测序检测TERT启动子突变方法的建立及其在脑胶质瘤中的应用: 2023年; 目的建立端粒酶反转录酶(TERT)启动子突变的焦磷酸测序方法,验证其用于脑胶质瘤的可行性。方法以TERT启动子野生型和突变型质粒为参考标准品,混和为待测核酸样本(预设突变率分别为0%、5%、10%、25%、50%和100%);采用焦磷酸测序方法进行检测,以3次检测均值作为检测突变率。采用Pearson相关分析法进行检测突变率与预设突变率的相关性分析。收集2020年4—6月由北京市神经外科研究所分子病理室诊断为脑胶质瘤的120例患者的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)切片样本;其中40例经二代测序检测,TERT启动子野生型17例,C228T突变型19例,C250T突变型4例。对120例样本进行扩增和焦磷酸测序,检测TERT启动子突变情况;计算不同病理类型脑胶质瘤患者中TERT启动子突变率,即突变型/(野生型+突变型)。采用Kappa一致性检验法比较40例样本的焦磷酸测序结果与二代测序结果。结果TERT启动子标准品检测结果显示,碱基检测峰的位置及峰高清晰,碱基单峰信号值均超过30;相关性分析结果显示,C228T和C250T的检测突变率与样本预设突变率呈线性正相关(Y=0.843X+22.317,r^(2)=0.80,P=0.010)。脑胶质瘤FFPE样本的焦磷酸测序检测结果显示,120例样本中,65例为TERT启动子野生型,55例为TERT启动子突变型;突变型中,以C228T突变为主43例,C250T突变12例。星形细胞瘤,IDH突变型患者中,TERT启动子的突变率为6.7%(2/30);少突胶质细胞瘤,IDH突变伴1p/19q联合缺失患者中,TERT启动子的突变率为91.3%(21/23);胶质母细胞瘤,IDH野生型患者中,TERT启动子的突变率为47.8%(32/67)。焦磷酸测序法与二代测序法检测TERT启动子突变的一致性好(39/40,Kappa值为0.96,P<0.001)。结论采用焦磷酸测序平台检测法判断脑胶质瘤标本TERT启动子突变状态具有可行性,与二代测序法检测结果的一致性好。; 李敬军柴睿超李昕芳刘玉清; 关键词：焦磷酸测序

基于焦磷酸测序的CYP2C19*2、CYP2C19*3基因分型方法性能验证: 2023年; 目的对细胞色素P4502C19(CYP2C19)*2和CYP2C19*3单核苷酸多态性分型的实验室自建焦磷酸测序法进行性能验证,确保其能为临床提供准确可靠的结果。方法通过对梯度稀释的杂合型基因组DNA(gDNA)标本(10.0、2.0、0.4 ng/μL)进行检测,评价方法的最低检测浓度;比较焦磷酸测序和Sanger测序结果,评价方法的准确度;将经焦磷酸测序验证的野生型gDNA标本进行Sanger测序,评价方法的特异度;对杂合型gDNA标本重复检测4次,评价方法的重复性。结果焦磷酸测序检测CYP2C19*2和CYP2C19*3单核苷酸多态性的最低检测浓度为0.4 ng/μL;20份临床gDNA标本的焦磷酸测序结果与Sanger测序结果一致,准确度为100%;10份野生型的临床gDNA标本经Sanger测序验证均为野生型,特异度为100%;分别对CYP2C19*2和CYP2C19*3的杂合型gDNA标本重复检测4次,重复性好,变异系数均<5%。结论焦磷酸测序检测CYP2C19*2和CYP2C19*3单核苷酸多态性的结果准确可靠,能够为临床使用氯吡格雷、质子泵抑制剂等药物提供个体化指导。; 张婕妤初亚男李玉娇封利颖; 关键词：焦磷酸测序单核苷酸多态性细胞色素P4502C19

焦磷酸测序技术在结核分枝杆菌耐药性检测中的应用价值: 2023年; 研究在结核分枝杆菌耐药性检测中焦磷酸测序技术的价值。方法通过生物素标记引物扩增甲基因片段,通过经链亲和素标记的磁珠分离单链模板,对突变区甲基因耐药的序列进行检测,并对结果进行记录,与正常序列比对后对结核分枝杆菌的耐药进行判断。结果临床分离所得到的结核分枝杆菌株总共有108株,检测方法选择绝对浓度法,其中利福平敏感有44株(40.74%),耐药菌株有64株(59.56%)。本次研究总共得到108株菌株,通过不同的方法扩增上下游引物的基因片段,分别对高变区的rpoB基因片段进行处理,最终获得204bp DNA,产物通过琼脂糖凝胶电泳进行相应的处理,获得清晰度较高的DNA条带。最终只有2株未得到理想的结果,原始为由于制备的误差,其余临床株及H37Rv标准株均得到了较为准确的检测结果,其中有44株利福平敏感株未获取到rpoB基因突变核心区,有64株都发生了不同程度的突变,突变的类型总共有8种,其中有2株属于511和516位点的联合突变,最为常见的突变位点为531位和526位,531位突变率为68.75%,526位的突变率为18.75%,所均获得的焦磷酸测序图谱均较为清晰。在检测中突变的野生型结核分枝杆菌并未被发现,DNA序列测定的结果指出未发生突变的情况,发生了基因突变的结核分枝杆菌,研究显示其DNA测序结果和Pyrosequencing检测所获取的结果不存在区别,100%完全一致。结论在结核分枝杆菌耐药性检测中焦磷酸测序技术的运用价值较高,值得在临床上进行推广运用。; 陶萍; 关键词：结核性腹膜炎阳性率特异度

利用焦磷酸测序和随机森林回归分析进行年龄预测的方法: 本发明提供了一种用于年龄预测的方法，所述的方法中包括焦磷酸测序和随机森林回归分析，所述的随机森林回归分析模型使用R package random Forest构建，并采用正向选择法确定最佳的位点组合。本发明提供的方法仅需...; 严江伟杨丰隆张更谦张君郝青青张晓梦漆小琴杨婷婷王雅雅余代静

焦磷酸测序对药品中5种致病菌的快速鉴定方法被引量：1: 2022年; 目的建立焦磷酸测序对药品中5种致病菌的快速鉴定方法。方法通过信息网站及专业设计软件设计引物,扩增后进行电泳与焦磷酸测序,测序结果与Genebank库相应基因序列进行比对。结果5种致病菌测序结果与Genebank库相应基因序列匹配率均在93%以上,均能得到良好的鉴定结果。结论焦磷酸测序方法可以实现对5种致病菌的快速鉴定,大大提高鉴定效率。; 李秀珍刘风琴王芳郭树静; 关键词：焦磷酸测序通用引物

利用焦磷酸测序和随机森林回归分析进行年龄预测的方法: 本发明提供了一种用于年龄预测的方法，所述的方法中包括焦磷酸测序和随机森林回归分析，所述的随机森林回归分析模型使用R package random Forest构建，并采用正向选择法确定最佳的位点组合。本发明提供的方法仅需...; 严江伟杨丰隆张更谦张君郝青青张晓梦漆小琴杨婷婷王雅雅余代静; 文献传递

使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸测序: 本公开一般涉及一种分析样品的多重方法，所述方法包括使用多核苷酸扩增产生其中一种或多种靶序列用非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签标记的扩增产物，通过非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列对所述扩增的产物进行焦磷酸测序...; 韩建王春林; 文献传递

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