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松材线虫泛素结合基因家族生物信息学与表达分析
2024年
松材线虫引起的松材线虫病对东亚、欧洲等多个国家和地区的松科植物破坏严重,威胁着世界森林生态系统的稳定发展。泛素结合(ubiquitin conjugating enzyme,UBCs)通过蛋白体降解靶蛋白,在生物体生长发育及逆境胁迫应答等方面发挥着重要作用。通过松材线虫基因组分析获得了20个泛素结合家族成员,对不同发育状态的松材线虫泛素结合家族基因进行理化性质、蛋白结构及在松材线虫发育过程中表达水平分析。结果表明,基因染色体定位结果显示,泛素结合基因均匀分布于除第5条染色体外的其余染色体上。基因拓扑分析显示大部分泛素结合基因位于细胞内,基因结构分析显示泛素结合基因主要由2~8个外显子组成。外显子-内含子结构在进化上高度保守,与氨基酸序列的多态性一致,且在外显子上存在密码子偏好性。基因表达数据显示,泛素结合家族成员在不同生长发育状态中存在差异性表达。通过生物信息学和基因表达分析方法初步了解泛素结合在松材线虫的生长发育过程中所扮演的角色,对于了解松材线虫发育机制和构建分子防治靶标具有重要的指导意义和理论价值。
赫传杰戴文昊潘佳亮
关键词:松材线虫基因鉴定基因表达分析
泛素结合E2Q1表达与肺腺癌临床病理特征及预后相关性分析
2024年
目的探究泛素结合E2Q1(Ubiquitin-conjugating enzyme E2Q1,UBE2Q1)的表达与肺腺癌临床病理特征及预后的相关性。方法回顾性了选取了2013年1月-2016年12月南京市胸科医院接受根治性手术治疗的74例I~Ⅲ期肺腺癌患者的癌组织及癌旁组织标本,采用免疫组化染色检测UBE2Q1蛋白表达水平,根据染色评分,将患者分为高表达组和低表达组,用卡方检验分析UBE2Q1蛋白水平与临床病理特征的相关性,KaplanMeier生存曲线分析UBE2Q1与肺腺癌患者预后相关性,单因素和多因素Cox比例风险模型分析影响肺腺癌患者生存期的危险因素。结果UBE2Q1在肺腺癌组织中高表达,且表达水平与肿瘤直径、淋巴结转移和TNM分期相关(P<0.05),与患者性别、年龄、吸烟史、肿瘤分化程度无相关性(P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,UBE2Q1低表达较UBE2Q1高表达患者有更长的无病生存期(disease-free survival,DFS)和总生存时间(overall survival,OS)(P均<0.05)。Cox比例风险模型显示肿瘤直径、淋巴结转移、TNM分期以及UBE2Q1高表达是DFS、OS的危险因素,其中TNM分期是DFS、OS的独立危险因素。结论UBE2Q1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌肿瘤直径大、淋巴结转移、TNM分期晚及较差预后相关,UBE2Q1是肺腺癌的危险因素。
蒋微王羽超徐春华徐春华张倩
关键词:肺腺癌临床病理特征预后
一种烟草泛素结合NtE2基因及其应用
本发明涉及一种烟草泛素结合NtE2基因及其在调控烟草叶片含氮组分含量中的应用,属于植物基因工程技术领域。本发明提供的烟草泛素结合相关的基因NtE2,利用CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术敲除NtE2基因的基因编...
米其利杨文武黄海涛高茜单秋甫向海英李雪梅刘欣孔维松
膀胱癌组织及癌旁组织中Dickkopf相关蛋白3、泛素结合E2T表达与患者临床病理特征、预后的关系
2024年
目的探讨膀胱癌组织中Dickkopf相关蛋白3(DKK3)、泛素结合E2T(UBE2T)表达与患者临床病理特征、预后的关系。方法选取2019年2月至2021年3月73例于华润武钢总医院确诊的膀胱癌患者,以膀胱癌组织为研究组,以癌旁组织为对照组,Spearman等级相关分析膀胱癌组织中DKK3、UBE2T相关关系,影响膀胱癌患者预后的因素采用Cox回归分析,Kaplan-Meier分析DKK3、UBE2T与膀胱癌患者预后的关系。结果膀胱癌组织中DKK3阴性表达率、UBE2T阳性表达率高于癌旁组织(73.97%比50.68%、69.86%比21.92%,χ^(2)=8.430、33.790,P<0.05)。膀胱癌组织中DKK3与UBE2T为负相关,相关性系数r=-0.631、P<0.01。肿瘤直径>2cm(66.67%、66.67%)、TNM分期T2~T4(70.37%、68.63%)、淋巴结转移(68.52%、74.51%)的膀胱癌患者DKK3阴性、UBE2T阳性的表达比例高于肿瘤直径≤2cm(33.33%、33.33%)、TNM分期Ta~T1(29.63%、31.37%)、未淋巴结转移(31.48%、25.49%)的患者(χ^(2)=5.777、4.932、11.848,P<0.05)。多因素分析结果显示肿瘤直径、TNM分期、淋巴结转移、UBE2T是膀胱癌患者预后危险因素[风险比(HR)=3.750、1.972、1.166、4.679,P<0.05],DKK3(HR=0.857)是膀胱癌患者预后保护因素(P<0.05)。DKK3阴性表达患者54例存活31例,DKK3阳性表达患者19例存活17例,DKK3阴性表达患者生存率高于DKK3阴性患者(89.47%比57.41%,χ^(2)=5.073,P<0.05),UBE2T阳性表达患者51例存活29例,UBE2T阴性表达患者22例存活19例,UBE2T阴性表达患者生存率高于UBE2T阳性患者(86.36%比56.86%,χ^(2)=4.702,P<0.05)。结论膀胱癌组织中DKK3、UBE2T表达与患者临床病理特征严重程度相关,与膀胱癌患者预后密切相关。
何露伍庄吕艳
关键词:膀胱癌预后
大豆E2泛素结合GmUBC2编码基因的应用
本发明公开了大豆E2泛素结合GmUBC2编码基因的应用。大豆E2泛素结合GmUBC2蛋白编码基因GmUBC2,其核苷酸序列为:SEQ ID NO.1。将构建的植物过量表达载体pMDC83‑GmUBC2转化到大豆毛状根...
程浩晁盛茜喻德跃
小麦泛素结合TaUBC16基因的克隆与功能分析
2024年
E2泛素结合在调控植物生长发育和胁迫信号转导过程中发挥着重要作用。本研究以小麦抗旱品种晋麦47的c DNA为模板克隆出E2泛素结合TaUBC16,该基因全长447 bp,编码148个氨基酸。顺式作用元件分析发现,TaUBC16启动子区含有与分生组织发育、胁迫响应、植物激素应答相关的多种顺式作用元件。利用小麦RNA-Seq转录组数据结合q RT-PCR验证分析发现,TaUBC16在小麦不同组织器官和发育阶段普遍表达,其中在30 d籽粒中的表达量较高,且均能被PEG-6000、甘露醇和ABA显著诱导表达。烟草叶片和小麦原生质体亚细胞定位分析表明,TaUBC16蛋白分布于细胞质和细胞核。通过异源表达TaUBC16转基因拟南芥进行生长发育表型分析发现,转基因株系开花时间早于野生型,其籽粒相比于野生型更为饱满,千粒重显著高于野生型。基于启动子区–388 bp位点(T-A)的多态性,开发了TaUBC16基因的竞争性等位基因特异性PCR (kompetitive allele-specific PCR,KASP)标记,鉴定了TaUBC16的单倍型,发现TaUBC16-Hap Ⅰ的千粒重、粒长和粒宽显著高于TaUBC16-Hap Ⅱ,并在我国小麦育种进程中得到正向选择。本研究结果将为进一步揭示TaUBC16基因参与调控小麦生长发育和响应逆境胁迫分子机理提供理论依据。
高维东胡城祯张龙张艳艳张沛沛杨德龙杨德龙
关键词:小麦基因表达亚细胞定位转基因
泛素结合E2变体1与恶性肿瘤发生及转移的研究进展
2023年
泛素结合E2变体1(ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1,Ube2v1)属于泛素结合E2的一种变体蛋白(Ube2v),Ube2v1主要参与调控炎症及癌症的发生。目前有关Ube2v1的研究涉及多种肿瘤,多与肿瘤预后相关。有望成为肿瘤治疗的潜在靶点。在此就近年来Ube2v1在恶性肿瘤方面的研究进展作一综述。
马强鲍金孙乃英田传鑫席建花郭文君陈颖
关键词:泛素
辣椒泛素结合变体类似蛋白基因克隆及其与氮吸收利用的相关性分析被引量:1
2023年
UEVs蛋白是泛素结合E2的变体,可通过与E2形成复合物催化底物泛素化。为探究UEVs蛋白在氮吸收利用中的作用,本研究参考辣椒低氮胁迫相关转录组数据,利用反转录PCR方法从辣椒叶片中克隆了泛素结合变体类似蛋白基因,命名为CaUev1D-L,对其进行生物信息和系统进化分析,并对转CaUev1D-L基因烟草进行低氮胁迫后的表型和生理特性分析。结果表明,CaUev1D-L开放阅读框长402 bp,编码133个氨基酸,具有E2结合UBC结构域,比辣椒、烟草、番茄和马铃薯等茄科作物的Uev1D蛋白氨基酸序列末端少14个氨基酸,与Uev1D蛋白的UBC结构域存在6个氨基酸的差异,与辣椒等作物的Uev1D蛋白不在同一进化分支。将CaUev1D-L转入烟草,在正常氮素水平下,转基因植株的茎叶干重显著小于野生型植株;在低氮水平下,转基因烟草植株的茎叶干重和根干重均显著大于野生型植株。本研究结果为氮吸收利用分子机制研究和相关基因的发掘利用提供了参考。
王春萍张世才李怡斐杨小苗段敏杰黄启中黄任中吴红
关键词:辣椒氮代谢
泛素结合2S在胃癌中的表达及临床意义被引量:2
2023年
目的 探讨泛素结合2S(UBE2S)在胃癌(GC)组织中的表达情况,并探讨其与GC患者远期预后的关系。方法 将2016年1月—2016年12月蚌埠医学院第一附属医院胃肠外科收治的GC患者(101例)列为研究对象,收集所有患者肿瘤组织及临床信息,通过免疫组织化学法检测癌及癌旁组织中UBE2S蛋白水平,分析UBE2S与组织病理学检测值之间的关系,探讨UBE2S表达对GC预后的影响,绘制生存曲线。利用生物信息学手段分析UBE2S可能参与肿瘤发生的机制。结果 免疫组化分析显示,UBE2S在GC组织中的表达显著高于癌旁组织,与组织病理学参数的关系提示UBE2S的阳性表达与CEA、CA19-9、T分期、N分期均明显相关(均P<0.01),多因素分析提示UBE2S高表达为GC的独立危险因素(HR=2.832,95%CI:1.361~4.170;P<0.01)。Kaplan-Meier生存曲线显示,GC患者的术后生存率与UBE2S高低表达组别之间差异有统计学意义(log-rank χ^(2)=27.512,P<0.01),ROC曲线结果显示AUC=0.789,敏感度和特异度分别为77.42%和74.36%。结论 UBE2S高表达于GC中,其与GC预后密切相关,UBE2S高表达可作为影响GC患者术后生存率的独立危险因素。
赵天豪杨一群李岳彤张小凤王月月耿志军李静左芦根葛思堂宋雪邓敏
关键词:胃癌预后生物信息学
泛素结合OsUBC11调控水稻根系发育分子机制研究
根系是植物吸收养分和水分的主要器官,其发育是植物生长过程中的一个重要过程。根系的功能包括从土壤中吸收养分和水分,在土壤中扎根以防止倒伏,同时也是植物与土壤环境中各种生物和非生物因素之间的主要受体界面,作物根系发育情况最终...
韩云飞
关键词:水稻生长素根系发育泛素结合酶

相关作者

陈世敏
作品数:73被引量:160H指数:7
供职机构:济南军区总医院
研究主题:UBCH10 耐药性 泛素结合酶 层粘连蛋白 耐药性分析
董晨
作品数:62被引量:130H指数:7
供职机构:中国热带农业科学院南亚热带作物研究所
研究主题:荔枝 基因家族 香蕉 生物信息学 泛素结合酶
赵秋芳
作品数:53被引量:122H指数:5
供职机构:中国热带农业科学院南亚热带作物研究所
研究主题:玉米 基因家族 香草兰 基因表达 土壤微生物
贾利强
作品数:24被引量:32H指数:4
供职机构:中国热带农业科学院南亚热带作物研究所
研究主题:基因家族 玉米 基因表达 泛素结合酶 香蕉
刘贤锡
作品数:117被引量:247H指数:9
供职机构:山东大学医学院生物化学与分子生物学研究所
研究主题:鸟氨酸脱羧酶 ODC 基因表达 腺病毒 反义