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抗原 表位 预测 工具的研究与发展现状2024年 抗原 识别和人体免疫过程中起到十分重要的作用。本文综述了抗原 表位 预测 工具的研究进展及其在疫苗设计和免疫治疗策略中的应用,突出了其重要性。通过分析B细胞和T细胞抗原 表位 的识别机制,本文阐释了表位 的种类及其在免疫反应中的作用。进一步详细讨论了B细胞和T细胞抗原 表位 的预测 工具,特别是它们如何利用支持向量机、随机森林、深度学习等不同算法来解析表位 信息,并介绍了当前该领域的最新发展现状。最后,本文对抗原 表位 预测 技术的未来发展趋势进行了展望。关键词：抗原表位预测 适应性免疫 B细胞 T细胞 抗原 表位 预测 方法、装置、设备及存储介质抗原 表位 预测 方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：获取待预测 抗原 和待预测 抗体；对待预测 抗原 和待预测 抗体进行预处理，得到待预测 抗原 ‑抗体片段复合物；将待预测 抗原 ‑抗体片段复合物输入抗原 表位 预测 模型，由抗原 表...HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原 表位 预测 2024年 抗原 表位 进行预测 。方法检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库,获取HPV53全长序列并构建进化树。采用ProtParam软件分析蛋白的理化性质,PSIPRED和SOPMA软件预测 其二级结构。采用ABCpred和IEDB软件预测 B、T细胞抗原 表位 ,并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原 性及Vaxijen评分等参数进一步筛选潜在的优势抗原 表位 ;最后对潜在优势抗原 表位 与13个高危型HPV进行同源性分析。结果检索NCBI数据库共下载54条HPV53全长序列,经去重后保留48条,来自不同国家/地区的HPV53分离株可划分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似,E1、E6和E7蛋白的二级结构以α螺旋为主,E2、E4、L1和L2以无规则卷曲为主。经预测 和筛选后,共得到6个B细胞潜在优势抗原 表位 和9个T细胞潜在优势抗原 表位 ,同源性分析发现,E4和E6区域的B细胞抗原 表位 TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH,及L2区域的T细胞抗原 表位 SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高同源性(均>90%)。结论通过生物信息学方法分析和预测 发现HPV53分离株可分为A、B、C三个主要进化分支,其理化性质相似,二级结构存在部分小差异,且病毒蛋白中含有B、T细胞抗原 表位 ,为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。关键词：进化分析 B细胞 T细胞 抗原表位预测 酿酒酵母液泡电导1的抗原 表位 预测 及抗原 编码基因的克隆 2024年 抗原 蛋白,本文首先通过生物信息学方法预测 Yvc1抗原 表位 ,并克隆其抗原 编码基因。利用NCBI GenBank数据库、ORP Finder、EXPASY ProtScale、SOPMA、IEDB和NetMHCⅡpan等生物信息学工具对酿酒酵母S288c的Yvc1抗原 表位 进行预测 ,并根据预测 的结果设计引物并克隆其抗原 编码基因。结果显示,YVC1基因全长2028 bp,有33个开放阅读框,最长一个被通读的序列,编码675个氨基酸。Yvc1分子量7.7937×10^(4),属于稳定、亲水性蛋白质;该蛋白含有4个膜外区域,亚细胞定位于液泡膜;二级结构中的无规则卷曲和β转角分别占29.48%和3.11%;分别含有5个B细胞优势抗原 表位 和2个Th优势表位 区域;最终预测 ,优势抗原 表位 在1~236位氨基酸区域。扩增的酿酒酵母DL5168抗原 编码基因序列与预测 抗原 的基因序列487707~489734 bp位点的相似性达到99%。本研究表明,生物信息学方法成功预测 并克隆到Yvc1抗原 编码基因,这为其抗原 蛋白制备奠定基础。关键词：酿酒酵母 生物信息学 抗原表位 生殖支原体MG_095蛋白的生物信息学分析及抗原 表位 预测 2024年 预测 其结构和表位 ,以探讨其作为潜在疫苗候选抗原 的可能性。方法首先,利用DEG数据库分析MG_095基因是否为生殖支原体必需基因;其次,采用Prot-Param、ProtScale、BUSCA、SOPMA、DeepTMHMM、SignalP 6.0、Motif Scan、STRING等在线软件预测 生殖支原体MG_095蛋白的氨基酸组成、理化性质、亲/疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜区、信号肽、修饰位点和互作蛋白;最后,使用IEDB、ABCpred、SYFPEITHI和NetMHCIIpan 4.1软件预测 靶蛋白的B、T细胞抗原 表位 。结果靶蛋白MG_095为生殖支原体必需基因MG_095所编码,是由398个氨基酸构成的稳定亲水性蛋白,其分子式为C_(2018)H_(3127)N_(527)O_(632)S_(6),分子质量为44.93154 ku,理论等电点为8.80。该蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规卷曲组成,其亚细胞定位于细胞外,无跨膜区,含有信号肽,存在19个磷酸化位点、4个糖基化位点和2个N-豆蔻酰化位点,并与多个核糖体蛋白有互作关系。此外,靶蛋白MG_095含6个优势B细胞抗原 表位 和3个优势T细胞抗原 表位 。结论假定表面暴露分子MG_095具有良好的免疫原性,可作为生殖支原体潜在的疫苗候选分子。关键词：生殖支原体 生物信息学分析 抗原表位 羊口疮病毒114蛋白的优势抗原 表位 预测 及ORFV多表位 疫苗的构建 被引量：2 2024年 表位 疫苗靶标的可能性,试验利用在线软件ABCpred预测 114蛋白的优势B细胞表位 ,利用在线软件IEDB的MHC-Ⅰbinding server预测 114蛋白的优势细胞毒性T细胞(CTL)表位 ;利用IEDB的MHC-Ⅱbinding server预测 114蛋白的优势辅助性T细胞(HTL)表位 ;使用柔性短肽接头连接114蛋白的优势B、T细胞抗原 表位 ,构建羊口疮病毒多表位 疫苗。结果:羊口疮病毒114蛋白由346个氨基酸组成,包含12个优势B细胞抗原 表位 ,分别位于292~307 aa、264~279 aa、146~161 aa、331~346 aa、113~128 aa、298~313 aa、35~50 aa、324~339 aa、281~296 aa、162~177 aa、315~330 aa、204~219 aa;包含1个优势CTL抗原 表位 ,位于65~73 aa;包含5个优势HTL抗原 表位 ,分别位于69~83 aa、68~82 aa、70~84 aa、48~62 aa、284~298 aa;构建了基于114蛋白的优势抗原 表位 的羊口疮病毒多表位 疫苗。结论:羊口疮病毒114蛋白包含多个优势B细胞和T细胞抗原 表位 ,可作为羊口疮病毒多表位 疫苗的候选靶标,具有诱导强烈体液免疫与细胞免疫反应的可能性。关键词：羊口疮病毒 B细胞抗原表位 多表位疫苗 抗原 表位 预测 方法、装置及应用抗原 表位 预测 方法、装置及应用。其中，该方法包括：获取作为抗原 蛋白的模拟表位 的多肽；基于抗原 蛋白的三维结构构建残基接触网络，找到每个残基在三维结构上的邻近残基；将多肽与残基接触网络进行匹配，对抗原 蛋白上匹配...一种用于B细胞的抗原 表位 预测 方法 抗原 表位 预测 方法，所述方法首先组成预训练集合PT；在Q_learning算法的每一个episode中，Q代理以蛋白质一级序列中任意8个连续的氨基酸残基为状态，以从每个状态后面的12个连续残基中选择k个残基...基于生物信息技术的抗原 表位 预测 在细胞免疫治疗中的应用 鹅星状病毒辽宁株分离鉴定及遗传变异分析与抗原 表位 预测 2023年 抗原 表位 预测 。经过接种病料鹅胚的病变特征观察、病毒PCR核酸扩增和序列分析以及透射电镜形态鉴定,确认成功分离到1株GAstV(goose astrovirus),暂命名GAstV/LN/202101(简称LN202101)。针对编码衣壳蛋白保守结构域N和P2 Capsid domain的核苷酸序列对该毒株进行遗传进化树和同源性分析,结果显示该毒株与江西株JX01(MZ576222.1)等近2年发现的毒株亲缘关系较近,在同一簇分支,且属于GAstV-Ⅱ型;但同源性已表现出差异。以HAstV(human astrovirus)已验证表位 为参考,依据抗原 抗体结合模型,结合生信方法推测以下4段序列可能为GAstV的抗原 表位 :453~467aa(PQADSRSRYNANITF)、508~513aa(VCNTLA)、525~553aa(TAVLRVNTSTTSTGGQITELRNRLNIADG)和585~597aa(DSNPGETFQSFKM)。结果表明,GAstV辽宁流行株与国内其他地区为同一来源,但已发生变异;辽宁株衣壳蛋白部分抗原 优势表位 较多,可以作为近2年流行毒株的代表。该研究结果为进一步明确该病毒遗传进化特点和抗原 特征,开发相应亚单位疫苗和抗体等生物防控制品奠定了基础。关键词：抗原表位
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